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Une fragmentation des espaces agricoles et naturels régionaux accrue par l'extension urbaine et le développement des infrastructures de transport et de production d'énergie

 Selon l'enquête Teruti-Lucas, environ 6 000 hectares, entre 2006 et 2010, ont été artificialisés chaque année dans la région, au détriment des espaces naturels et agricoles. Cette concurrence aboutit à la fragmentation des espaces agricoles et naturels, aujourd'hui reconnue comme l'une des causes majeures de l'érosion de la biodiversitéDiversité biologique ou nombre et variété des espèces végétales et animales. On distingue la richesse spécifique (les différentes espèces), la diversité génétique - variété génétique au sein d'une même espèce - et la diversité écosystémique c'est-à-dire la variété des écosystèmes qu'on trouve sur Terre (forêts, prairies, lacs,...).. En complément de la préservation des espaces naturels remarquables, la pérennité des liaisons écologiques qui les relient, matérialisées par la mosaïque des éléments de nature, y compris plus ordinaires (cours d'eau, espaces agricoles, haies, bords de routes, talus,...), est en effet indispensable aux déplacements et donc au maintien des populations animales et végétales et de leur diversité.

Nombre des espèces animales effectuent les différentes parties de leur cycle de vie dans des milieux différents, distants de quelques mètres à plusieurs milliers de kilomètres. Elles doivent pour cela trouver des espaces accueillants, leur permettant de se déplacer. De telles continuités sont également nécessaires au brassage génétique et la colonisation /recolonisation de milieux, tant pour les espèces animales que végétales.

Les liaisons écologiques peuvent correspondre à des milieux très différents selon les espèces (des bords des cours d'eau aux pâturages de montagne, des vignes aux couloirs de migration aériens, etc.) et peuvent s'incarner pour la biodiversité à toutes les échelles, y compris très locales (circulation entre des massifs forestiers pour des ongulés, accès à des lieux de reproduction pour des poissons ou des amphibiens,...).

Rhône-Alpes étant un axe migratoire important pour la faune piscicole et pour l'avifaune (les oiseaux), la région Rhône-Alpes dispose d'une responsabilité particulière pour le maintien des liaisons écologiques. Ces enjeux seront prix en compte dans le SRCELa loi Grenelle 2 dispose que dans chaque région un schéma régional de cohérence écologique (SRCE) doit être élaboré d'ici à fin 2012. Il décline les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques. Il vise à préserver, gérer et remettre en bon état les milieux naturels nécessaires aux continuités écologiques..

Toutefois, la région est également caractérisée par un grand nombre d'obstacles difficilement franchissables pour de nombreuses espèces : des zones urbaines denses concentrées dans les vallées, un développement important des réseaux autoroutiers et ferroviaires et des barrages hydroélectriques. Mais des actions en matière de restauration de continuités écologiques sont conduites : suppression des seuils, passes à poissons, passages à faune...

Les dynamiques d'extension urbaine et de mitageDéveloppement plus ou moins contrôlé de constructions sur des sols jusqu'alors voués à l'agriculture ou aux espaces naturels. Il en résulte une perte de cohérence des paysages et des connexions écologiques. périurbain à l'oeuvre au cours des dernières décennies, par ailleurs fortement liées au développement des infrastructures de transport, constituent une cause majeure du renforcement de la consommation et du cloisonnement des espaces naturels.
Le développement des installations de production d'énergies renouvelables (hydroléctricité, éolien, solaire) peut également perturber les déplacements de certaines espèces et être source de consommation de sols agricoles.