3 grands massifs : le Massif central, les Alpes et le Jura

73% du territoire est classé en zone de massif qui regroupe 51% de la population régionale (source : Région).  La montagne rhônalpine est avant tout un lieu de vie, de travail mais également d'espaces naturels d'une grande qualité, de loisirs et de détente.

Montagnes de la région et zones de massifs

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Le Massif central est marqué par des forêts à forte naturalité et des milieux naturels remarquables fragilisés par la déprise agricole et les épisodes de sécheresse.

Les Alpes et le Jura présentent une grande variété de milieux mais sont marqués par l'urbanisation et son extension. Les fonds de vallées qui jouent le rôle de corridors écologiquesPassages de circulation reliant plusieurs espaces naturels entre eux et nécessaires à la faune (exemple : un amphibien vit en zone sèche mais doit rejoindre une mare pour se reproduire). La fragmentation de ces corridors, par une route par exemple, empêche la libre circulation de la faune et donc son bon développement. Les corridors écologiques assurent des connexions entre des réservoirs de biodiversité, offrant aux espèces des conditions favorables à leurs déplacements et à l'accomplissement de leur cycle de vie. sont très sollicités par le développement de voies de transports et l'urbanisation. Dans les Alpes, de nombreux versants sont occupés par les domaines skiables. Ces aménagements et leur fréquentation sont dommageables en particuliers pour la faune et la flore forestière